根据《土地管理法》和相关规定，申请在农田上建房需要遵循以下步骤进行申请：
包括申请人的基本信息、申请事项、申请农村宅基地的具体诉求、申请农村宅基地的事实和理由。
向村民委员会提出书面申请，说明用地原因和理由，并填写《村民宅基地申请审批表》。
村民委员会对申请进行初步审查，并在村务公开栏向村民公布无异议后，在《村民宅基地申请审批表》上签字盖章，并报乡（镇）人民政府。
乡（镇）国土所进行现场勘查和群众调查，审查建房用地和建设申请条件，并制作勘查笔录和审查意见书。
乡（镇）人民政府会议研究同意后，以正式文件形式上报县（市）国土资源局。
县（市、区）国土资源局对上报的材料进行审查，并报县（市、区）人民政府批准后，下发批准文件。
如果涉及农用地转用或者占用林地，还需依法办理相应的审批手续。
审批通过后，县国土资源局将收取相关费用并核发《农村个人建房建设工程许可证》。
请注意，水田作为永久基本农田，受到国家法律的严格保护，不得用于非农业建设，包括建房。如果确实需要在农田上建房，必须按照法定程序申请宅基地，并在获得批准后于宅基地上建房。