协议盖章后签字的原因主要在于确认双方当事人的身份和主体资格，并表明双方是在真实意思表示的基础上签订的合同。根据《民法典》第五百零二条的规定，合同在双方当事人签字或盖章后成立，并产生法律效力。签字与盖章具有同等的法律效力，这意味着只要合同上有双方的签字或盖章，合同就具备了法律约束力。
具体来说，协议可以采用合同书形式订立，自双方当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。当事人对协议的确认可以是由所有当事人签名、盖章或者按指印，三者之间是选择关系。如果合同一方是自然人的，签字或者按指印即可，如果合同一方本人不能到场签署，其合法授权的人员可以在授权范围内代签。
总结来说，协议盖章后签字是为了确保合同的法律效力，明确双方当事人的权利和义务，并防止合同被他人伪造或篡改。在实际操作中，建议合同双方在盖章后同时签字，以充分保障各自的合法权益。