当运费险赔付金额不足以覆盖实际运费时，可以采取以下几种方法：
如果商品存在质量问题或卖家责任，可以要求卖家承担所有运费，包括超出运费险赔付金额的部分。
如果是因为买家自身原因退货，可以与卖家协商，看卖家是否愿意承担部分或全部额外运费。
可以选择相对便宜的快递公司，避开那些运费较高的公司，从而减少整体运费支出。
运费险权益卡中有增加理赔款特权，可以用来增加运费的理赔金额，每张保单最多可以使用3张，最多增加3元理赔金。
如果运费险赔付数额确实无法弥补实际损失，且与运输公司或保险公司协商无果，可以考虑向第三方仲裁机构或法律途径解决争议。
如果因为频繁退货导致运费险失效，可以尝试减少退货次数，并在暂停服务3个月内维持退货率小于30%，以重新获得退货运费险的购买资格。
在购买商品时，提前与卖家沟通好运费问题，尤其是对于可能超重的商品，可以协商好运费承担方式，避免退货时出现运费险赔付不足的情况。
通过以上方法，可以有效降低因运费险赔付不足而产生的额外损失。