土地确权纠纷主要包括以下几种：
相邻地块的边界界定不清，导致双方对土地的归属产生分歧。
由于历史原因、边界不清、继承等因素，导致不同主体对同一地块的权属产生争议。
政府在土地确权过程中的行政行为存在瑕疵，如错误认定土地权属、未依法履行程序等。
他人未经许可侵占他人土地进行建设等行为，侵犯了土地权利人的合法权益。
由于过去的土地管理体制等原因，遗留了一些土地权属不清的问题。
承包地无法复垦或已经进行土地调整。
承包地被依法征用或被公益事业占用。
承包面积与实际种植面积不符。
因离婚分户、子女结婚分户、家庭人员死亡发生人员变动。
承包地进行综合整治。
已纳入承包地管理的，继续作为承包地管理；未纳入承包地管理的，不进行确权登记，但应按实际面积登记在册。
农户自行或者流转给别人在承包地上建房、挖塘等改变农业土地用途的，仍按原来承包地面积进行确权登记，在实测面积时减去占用面积，并进行备注。
家庭个别成员已死亡或户口迁出的（如出嫁女、迁入城镇居住、在校大学生、现役军人等）应在备注栏标注清楚。
按照《农村土地承包法》第37条规定，土地承包经营权流转，当事人双方应当签订书面合同，未签订书面合同的，容易引发纠纷。
建议：
在土地确权过程中，应依据法律规定和历史档案资料进行调查核实，确保权属清晰。
对于行政行为不当的问题，可以向政府或相关部门申请纠正。