农药的管理主要归农业部门负责监督管理。具体来说：
国务院农业行政主管部门负责全国的农药登记和农药监督管理工作。
省、自治区、直辖市人民政府农业行政主管部门协助国务院农业行政主管部门做好本行政区域内的农药登记，并负责本行政区域内的农药监督管理工作。
县级人民政府和设区的市、自治州人民政府的农业行政主管部门负责本行政区域内的农药监督管理工作。
县级以上各级人民政府其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的农药监督管理工作。
农药经营许可方面，根据《危险化学品安全管理条例》，农药的经营由安全监管部门发证，属于安监局的许可项目。