C类驾照扣12分的处理方式如下：
机动车驾驶人在一个记分周期内记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
机动车驾驶人应当在十五日内到相关的交通管理部门参加道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
学习结束后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。
考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证。
如果考试不合格，驾驶人需要继续参加学习和考试，直到通过为止。
拒不参加学习及考试的，公安机关交通管理部门将公告其驾驶证停用。
如果在实习期内被扣满12分，将取消实习准驾车型的资格。
实习期结束后，在一个记分周期内累计达到12分的，需要参加科目一考试合格后才能恢复驾驶证的正常使用。
只有产生了扣分和违章，才能使用学法减分最高减免6分，只能从已经扣分的分值中抵消，不能用于分数的提前累计。
在驾照扣分周期即将结束的时候先处理一部分，并及时缴纳罚款，然后等到记分周期时间过了，再处理剩余部分的扣分，让12分一分为二。
建议：
驾驶人应当在规定的时间内尽快参加学习和考试，以免影响驾驶证的正常使用。
如果多次扣分达到12分，建议认真反思驾驶行为，加强交通安全意识，避免再次扣分。