银行短款的处理流程通常包括以下几个步骤：
核实账户余额与银行记录是否一致。
对账单、银行流水和交易明细等相关文件进行核对。
记录详细的账户信息、短款金额及短款发生的具体时间，并寻求银行审批支持与合作。
将短款情况告知银行，并通过电话、电子邮件或直接向银行柜员反馈。
描述清楚短款的归还情况，并提供所有可能有助于解决疑问的信息。
银行可能会要求提供额外的证据，如存款凭证、转账记录等。
银行将启动转账追踪程序，确定短款发生的业务起因和去向。
收集和检查相关的差错交易记录、转账通道等信息。
持续与银行沟通，提供额外信息并协助追踪。
银行确定短款的起因和去向后，可能会与账户持有人协商解决方案。
解决方案可能包括：
补足短款：银行可能主动补足短款金额并进行调整。
费用调整：如果短款是由于账户持有人自身原因引起，银行可能要求承担相关手续费用和调整费用。
第三方介入：在必要时，可能需要第三方机构进行调解或仲裁。
银行柜员在确认短款后，需要编制详细的长短款报告。
报告中应包括短款的具体数额、原因及分析、处理方法等。
如果银行拒绝承认短款或拖延补充款项，可以通过法律途径解决。
向法院提起民事诉讼，请求银行提供账目清单和相关证据。
相关负责人和银行工作人员可能需要作为证人出庭作证。
建立完善的账目核对制度，定期实施账目审核和对账确认。
加强与银行的沟通和协作，合理规划资金流动，减少因账目不清而引起的问题。
如果短款是由于ATM机故障，应立即通知厂家或维保人员检查。
短款应先行垫付，不允许发生空库或白条抵库。
特殊情况需报市行会计与运营部，经分级审批后方能进行短款挂账。
通过以上步骤，可以系统地处理银行短款问题，确保账户的准确性和客户的权益。