农垦土地确权面临的主要困难包括：
农垦土地多建于新中国成立初期，缺乏用地审批手续和权属来源证明资料。
农场面积大、范围广，与周边农民集体等用地单位边界不明确，且历经行政区划和用地界线调整，导致权属争议。
一些地方农垦体制改革未完全到位，农垦单位身份不明确，既非行政单位也非企业，影响土地确权。
土地确权需要一定的投入和人力资源，一些地区资金有限，难以提供全面服务。
地方政府可能出于维稳考虑，在土地纠纷中可能迫使农场让步，导致土地权属认定工作搁置。
农民自行开垦的荒地和未利用地，如果没有与农村集体组织签订土地承包合同，则不能进行土地确权。
对于个人开垦的四荒地，村民可能因担心土地价值上升而不支持确权。
土地确权登记手续繁琐，需要提供大量材料，部分农民缺乏相关知识，不了解流程和权益保护的重要性。
存在非法转让、出租、抵押等土地交易行为，这些土地在法律上没有得到合法登记和确权。
为了推进农垦土地的确权登记工作，需要解决上述问题，并加强政策宣传、简化手续、明确权属、提供财政支持等措施。