宁夏发菜被禁止的主要原因是 防止资源枯竭和生态破坏。发菜因其食药价值以及与“发财”谐音，曾在市场上受到追捧而供不应求，导致大量采挖，使其野生资源日益枯竭。此外，发菜的过度采集还导致了大片草场退化和土地荒漠化，严重破坏了生态环境。
为了保护这一珍贵的野生植物资源，中华人民共和国国务院在2000年发布了《国务院关于禁止采集和销售发菜制止滥挖甘草和麻黄草有关问题的通知》，将发菜的保护级别从二级调整为一级，并严格禁止了其采集、收购、加工、销售和出口。这一措施旨在减少对发菜资源的过度开发，保护生态环境，维护生态平衡。