农业银行卡的扣费方式主要分为以下几种：
农行卡每年会扣除10块钱年费，贵宾卡除外。
年费一般从开卡之后的第二年的第二个月开始收取，首年免年费。
如果银行卡账户余额小于300元，那么每季度会收取3元的账户服务费。
余额为0就不会再被扣款，但超过半年余额为0就会转为睡眠户，下次使用需要到柜台激活。
异地ATM取款：异地本行ATM跨行取款每笔取款金额的1%，最低1元；异地跨行ATM取款每笔手续费为2元+取款金额的1%。
异地存款手续费：省内异地柜台交易金额的0.5%，最低1元，最高50元；跨省异地柜台交易金额的0.5%，最低1元，最高100元。
短信通知服务费：个人消息通知服务按照2元/账户/月的标准收取。
建议
保持账户余额：为了避免小额账户管理费的扣除，建议用户保持银行卡账户余额在300元以上。
及时激活睡眠户：如果账户余额为0且超过半年未使用，建议到柜台激活以恢复使用。
关注短信通知：为了确保及时收到账户变动提醒，建议用户确保短信通知服务是开通状态，并及时缴纳短信通知服务费。