秦、汉、唐朝对西南少数民族地区的统治采用羁縻政策，单从字面上理解，“羁”为马络头，意思是用军事和政治手段加以控制，“縻”则为牛靷，意喻着在经济和物质上给予抚慰。北宋继承并完善了羁縻制度，除了在部族首领之外，还委派中央政府任命的官员以加强监管。
不过宋朝能够控制的西南地区面积毕竟有限，直到元代，才逐渐演化成了“土司制度”。可以说土司制度是在唐宋时期羁縻州县制的基础上发展而来的，其实质就是“以土官治土民”，中原的王朝承认各少数民族的世袭首领地位，给予其官职头衔，进行间接统治。
和中原王朝的诸侯王一样，土司可以把职位传给子孙，亦或是其他的亲属。同时土司在自己的领地内可以拥有一定数量的私人士兵、家丁和仆役，以维护自己的统治权威。当然，土司也需要向皇帝进贡，并且承担一定的税金、傜役、并按照朝廷的敕令提供军队。
当然土司制度在当时有一定的先进性，但也存在着很大的弊端。由于土司官是世袭的，各地官员不能剥夺，于是有些土司官就是滥杀百姓，祸害边境。他们拥有自己的人事权、兵权，不服中央的管理，跟周边的土司发生战斗，争夺地盘，危害到正常的统治秩序。
于是明清时候的皇帝就采取取消土司世袭，改派流官，直接划归中央的政策，被称之为——改土归流。明朝虽然陆陆续续有改土归流，但是实行的并不彻底，大规模的改土归流是在清朝时期，当然这也是因为清朝国力强盛，有能力去做这件事情。
当台湾、噶尔丹、沙俄这三方面的问题，都在康熙时期得到进一步的解决后。雍正便下定决心进行改土归流，朝廷中总结历代治边疆经验，采取“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。”
雍正四年（1726年），为了解决土司割据的威胁，在鄂尔泰的主持下，清政府首先在云贵地区展开了大规模的改土归流。主动配合改流的土司，朝廷多授予现任武职或其他世袭官职以示优待。对土司中敢于顽固抗拒者，均以武力消灭。
到雍正九年（1731年），滇、黔、桂、川、湘、鄂6省改土归流的目标基本实现。但由于投送力、管理能力的局限，清王朝中央认为“江(按 :澜沧江 )外宜土不宜流 ，江内宜流不宜土”， 云南南部的中小土司得以保留。而在川西藏区，许多藏族土司也并未被清王朝削除。
因此，在民国及共和国前期，又进行了大规模的改土归流活动，土司制度终于彻底退出了历史舞台。改土归流减少了叛乱因素，加强了政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展。
