当您发现房贷扣款金额少了，可以采取以下步骤处理：
向银行说明情况，表明您并非恶意逾期。
如果银行同意，您可以获得非恶意逾期证明。
携带非恶意逾期证明，前往人行征信中心更正记录。
如果是因为看错月供金额导致的，尽快补足差额。
如果银行系统问题导致扣款失败，要求银行提供书面证明，并更正征信记录。
如果您余额不足，继续存钱进银行卡，系统会自动补扣剩余金额。
如果您急需，可以直接联系银行主动还款，并提供还款账户。
详细记录还款金额和日期，以备不时之需。
建议在还款日前将应还金额存入银行卡，避免系统扣款失败。
请尽快采取行动，确保不会影响您的信用记录。