南京公积金还商贷的方式有以下几种：
借款人及配偶可以携带相关材料前往住房公积金缴存银行服务网点办理，每年办理一次，提取资金转入贷款账户。
借款人及配偶可以凭最近一年内还款明细及其他材料，每年报销提取一次住房公积金用于偿还商业贷款。
职工和配偶分别在南京住房公积金管理中心和省级机关分中心缴存住房公积金且有商业贷款的，可以通过签订省市互联委托逐月还商业贷款协议，每月以报销方式自动将公积金账户中部分金额划入登记的贷款还款账户。
借款人及配偶签订委托还贷协议后，管理中心根据借款人及配偶的委托和贷款银行上传职工上月已归还商业性个人住房贷款本息的情况，于每月10日开始（遇节假日顺延），以转账方式自动划转借款人及配偶缴存账户中部分金额用于报销上月已归还商业性个人住房贷款本息。
办理条件
借款人及配偶在南京中心没有未结清的住房公积金贷款。
借款人及配偶住房公积金账户须保留不少于签订协议时月缴存金额12倍的余额，住房补贴账户须保留不少于签订协议时月缴存金额1倍的余额。
借款人及配偶在商业贷款贷款还款期间，需先向贷款银行办理商业性个人住房贷款信息登记并打印贷款证明，再携带相关材料前往借款人住房公积金缴存银行网点办理委托逐月还商贷协议签订。
办理流程
1. 借款人及配偶携带身份证原件、《结婚证》原件、《借款合同》原件、贷款银行出具的《贷款证明》、单位出具加盖预留印鉴的《南京住房公积金提取申请书》以及其他相关购房资料，前往住房公积金缴存银行服务网点办理。
2. 填写《委托逐月提取还商贷协议》，并提交贷款银行出具的贷款证明。
3. 协议生效后，管理中心将根据协议内容，每月自动划转借款人及配偶缴存账户中的部分金额用于偿还商业贷款。
建议选择最适合自己的还款方式，提前了解并准备好所需材料，以确保办理过程顺畅。